Nel novembre del 1500 una legge del
Senato dichiarava
che "nell'Arsenale nostro consiste in buona parte il nostro Stato sì da
terra come da mar". Un'altra legge senatoria del 1483 sottolineava come la
produzione dell'Arsenale fosse orientata "particolarmente nelle cose da
guerra". Fu soltanto con la prima metà del XVI che con tale vocazione si
venne ad identificare in maniera definitiva la nota istituzione veneziana. Gli
anni '40 del secolo XVI rappresentarono infatti un momento di svolta
nell'intera strutturazione del sistema difensivo veneziano.
Nel 1542 si istituì il Magistrato sopra le
fortezze , con competenza sulle fortificazioni dei domini marittimi e
terrestri e sugli arsenali dei territori da mar della Repubblica.
Tra il 1545 e il 1546 si riformò il sistema di reclutamento degli
equipaggi per le
galere veneziane e si decise la costituzione di una
flotta permanente di riserva. Soprattutto si istituì una nuova
magistratura detta "alla Milizia da Mar" cui si affidarono i compiti di
arruolamento delle ciurme, di nomina degli ufficiali e degli ammiragli e di
provvedere all'armamento. In tale organo erano presenti 4 componenti del Senato
e 16 del
Maggior Consiglio , oltre ai componenti delle preesistenti
magistrature tecniche e militari --
Provveditori all'armar ,
Patroni all'Arsenale ,
Provveditori alle biave , Provveditori sopra l'artiglieria .